Bioinformatika merupakan ilmu yang mempelajar tentang penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis dan juga mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama dibidang bioinformatika meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Dalam dunia budidaya perikanan bioinformatika ini dapat membantu para peneliti dalam mengolah data agar menjadi lebih valid, karena dalam penggunaannya software bioinformatika di dalam penelitian diharapkan mampu meningkatkan produktivitas budidaya perikanan. Disini Ada enam contoh penerapan bioinformatika yang bisa diterapkan dalam bidang budidya diantaranya sebagai berikut :
1. Teknologi ekspresi protein, dalam teknologi ekspresi protein ini ada berbagai metoda yang dapat dipilih sebagai sistem ekspresi antara lain pendekatan bakterial, yeast (ragi), sel insekta maupun transgenik. Banyak produk sebagai contoh hormon, gonadotropin dan enzym telah digunakan dalam akuakultur. Ekspresi antigen untuk pengembangan vaksin mewakili pula kegiatan dalam bidang ini.
2. Mikrosatelit, RFLP, Analisis QTL
.Teknologi ini digunakan untuk identifikasi stok, seleksi dalam kegiatan breeding, dan mengidentifikasi gen yang penting dalam akuakultur seperti pertumbuhan dan resistensi terhadap penyakit. Pemetaan dan karakterisasi gen semakin dipermudah dengan adanya teknologi QTL (Quantitative Trait Loci).
3.. Vaksin DNA
Kegiatan ini melibatkan pengunaan DNA untuk mengekspresikan antigen dalam inang sebagai bagian dari proses vaksinasi. Teknologi ini telah diterapkan dalam skala penelitian pada rainbow trout dan hasilnya sangat bagus. Ketika di uji tantang dengan virus IHNV, hampir 100% ikan dengan perlakuan teknologi ini selamat dan perlakuan kontrol 85-90% mengalami kematian.
4. Chip DNA
Merupakan teknologi baru yang mampu menganalisa ekspresi ribuan gen dalam satu microchip. Teknologi ini berkembang pesat dan telah diaplikasikan untuk ekspresi gen, pemetaan, penemuan gen, diagnosa genetik. Dalam akuakultur sudah ada beberapa grup riset yang menggunakan teknologi ini untuk meneliti ekspresi gen pada ikan.
5. Proteomics
Proteomic merupakan ilmu yang mempelajari sifat protein (tingkat ekspresi, interaksi, modifikasi setelah translasi dan lainnya) dalam skala besar untuk memperoleh pandangan jelas dan terintegrasi. Teknologi ini adalah kombinasi dari elektroforesis “2D” polyacrilamide gel dengan spektrometer. Ditunjang oleh teknologi komputer untuk mengolah data dan bioinformatika, teknologi ini menjadi metoda yang cepat dan sensitif untuk mengetahui karakterisasi protein. Oleh karenanya teknologi ini bisa mengidentifikasi protein yang dapat berperan untuk penemuan obat, theurapeutics dan lainnya.
6. Teknologi Transgenik
Teknologi transgenik merupakan teknologi yang sudah digunakan sejak lama dan sekarang teknologi ini berkembang dalam memproduksi makhluk hidup dengan fenotip yang diinginkan. Dalam bidang akuakultur teknologi ini berguna untuk meningkatkan laju pertumbuhan ikan; mengatur kematangan gonad, diferensiasi sex dan sterilitas; meningkatkan resistensi terhadap pathogen; mengadaptasi ikan terhadap lingkungan baru (freeze resistance!); merubah karakteristik biokimia dari daging ikan sehingga menciptakan rasa daging yang diinginkan; mengubah jalur metabolisme sehingga terjadi efisiensi pakan.
http://akuakultur.wordpress.com/2006/12/12/bioteknologi-dalam-akuakultur/
0 komentar:
Posting Komentar